Grâce aux programmes de vaccination mondiaux, la phase aiguë de la pandémie de COVID-19 semble être terminée. Cependant, de nouvelles sous-variantes continuent d’émerger.
Tous les virus évoluent et changent avec le temps, y compris le SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Bon nombre de ces changements ont un impact minime sur les caractéristiques du virus, tandis que d’autres ont des effets importants. Par exemple, certaines mutations peuvent lui permettre de se propager plus facilement, de provoquer une maladie plus grave ou d’échapper aux vaccinations et aux effets des médicaments.
Depuis le début de la pandémie, les chercheurs ont identifié de nombreuses variantes préoccupantes. Ceux-ci comprenaient Alpha, Bata, Gamma et Delta au début de la pandémie. Puis, fin 2021, des médecins ont détecté Omicron en Afrique du Sud et au Botswana. Des tests rétrospectifs ont ensuite identifié des échantillons antérieurs de personnes en Angleterre, en Afrique du Sud et au Nigeria.
Les nombres de COVID-19 ont augmenté de manière explosive à partir du moment où Delta était la variante prédominante, et les cas diminuaient. Les experts ont estimé qu’Omicron pourrait infecter 3 à 6 fois plus de personnes que Delta sur la même période.
Mutations d’Omicron
Omicron s’est démarqué par son nombre incroyable de mutations. Il en avait plus de 50 par rapport au virus SARS-CoV-2 original isolé à Wuhan, en Chine, et environ 12 étaient rares. Certains n’avaient jamais été vus auparavant.
Environ 30 des changements d’Omicron impliquaient des acides aminés dans une partie particulière de la protéine de pointe appelée domaine de liaison au récepteur (RBD). Le virus utilise le RBD pour se lier aux récepteurs des membranes cellulaires humaines appelées ACE2 . Omicron a un nombre exceptionnellement élevé de changements au sein du RBD.
Le RBD est une cible cruciale pour les vaccins COVID-19. La raison en est que les anticorps s’y lient et aident à empêcher le virus d’infecter les cellules.
Les experts craignent que les diverses mutations n’empêchent les anticorps générés par la vaccination ou l’infection naturelle de neutraliser le virus.
Après la variante originale d’Omicron BA.1, plusieurs autres sous-variantes ont émergé – BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5.
Variantes Omicron BA.4 et BA.5
Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) rapportent maintenant que les sous-variantes BA.5 et BA.4 d’Omicron sont les souches dominantes du SRAS-CoV-2 aux États-Unis. Ils représentent actuellement plus de 9 cas sur 10.
Repérés à l’origine en Afrique du Sud plus tôt cette année, les scientifiques ne savent pas s’ils ont muté par rapport à l’original, car certains pensent qu’ils ont probablement évolué à partir de la variante BA.2 Omicron précédemment dominante.
Étant donné que ces nouvelles sous-variantes ont un taux de transmission élevé, les scientifiques doivent comprendre comment les vaccins actuels fonctionnent contre eux.
Dans une étude récente , des chercheurs ont testé des anticorps à partir d’échantillons de sang de personnes qui avaient déjà reçu trois doses d’un vaccin à ARNm COVID-19 pour voir s’ils pouvaient neutraliser les nouvelles sous-variantes. Les chercheurs ont également prélevé des échantillons de sang de personnes qui avaient reçu deux vaccins à ARNm mais avaient précédemment contracté une variante non Omicron du SARS-CoV-2.
Les résultats suggèrent que par rapport à BA.2, les deux nouvelles sous-variantes étaient environ quatre fois plus résistantes aux anticorps de personnes entièrement vaccinées.
Alors qu’Omicron continue de muter et d’évoluer, il devient plus transmissible et plus capable d’éviter les effets neutralisants des anticorps. Cependant, les scientifiques ne sont pas surpris de ces effets.
Si le système immunitaire des personnes vaccinées neutralise facilement les variantes, il serait difficile pour elles de devenir la souche dominante. Par conséquent, le virus est plus susceptible d’évoluer et de muter de manière à lui permettre d’échapper à l’immunité contre les vaccins ou l’infection naturelle.
Comment les sous-variantes affectent différents pays
Les pays ont des profils immunitaires différents contre le SRAS-CoV-2 en raison de plusieurs facteurs contributifs, notamment :
- Nombre de personnes vaccinées
- Souches virales circulantes
- Mesures de sécurité publique
Par conséquent, les sous-variantes BA.4 et BA.5 peuvent affecter les pays différemment. Cela dit, il semble qu’ils aient contribué à une légère augmentation des hospitalisations en Afrique du Sud, bien que les taux de mortalité aient été inférieurs à la précédente vague Omicron du pays.
Au-delà de l’Afrique du Sud, certains pays constatent un impact plus important de ces nouvelles variations. Par exemple, les taux d’hospitalisation et de mortalité au Portugal ressemblent à ceux observés lors de la première vague Omicron malgré des taux de vaccination et de rappel élevés.
Les experts pensent qu’une explication de la différence pourrait être que le Portugal a une population plus âgée. Généralement, plus de personnes âgées signifient plus de cas de maladie grave.
De plus, même si seulement la moitié des adultes sud-africains sont vaccinés, ils ont connu des taux d’infection extrêmement élevés lors des vagues précédentes de COVID-19. Potentiellement, cette immunité hybride offre une solide protection contre les maladies graves, en particulier chez les personnes âgées qui sont plus susceptibles d’avoir été vaccinées.
Dans quelle mesure les vaccins fonctionnent-ils contre les variantes ?
La recherche suggère que bien que la vaccination déclenche des anticorps, ils sont moins efficaces pour neutraliser BA.4 et BA.5 que les variantes antérieures d’Omicron.
Potentiellement, cela signifie que même les individus vaccinés et boostés pourraient être laissés vulnérables à contracter plusieurs infections à Omicron. Même les personnes ayant à la fois une vaccination et une immunité déclenchée par une infection Omicron précédente ne produisent pas d’anticorps qui bloquent facilement les sous-variantes BA.4 et BA.5. Une des raisons à cela peut être leurs mutations de pointe L452R et F486V.
Et après?
Les scientifiques restent incertains quant à l’avenir des sous-variantes d’Omicron. De nouvelles sous-variantes peuvent continuer à émerger, chacune plus réussie que la précédente, surmontant l’immunité existante. Personne ne sait encore si les sous-variantes actuelles sont la finale que nous verrons, mais cela semble peu probable.
Il reste également la possibilité que des variantes d’autres branches des lignées génétiques du SRAS-CoV-2 puissent émerger, créant ainsi une variante complètement différente qui n’est pas familière aux réponses immunitaires.
Les futures variantes pourraient devenir plus meurtrières même s’il semble que les vagues successives de COVID-19 deviennent plus douces.
Les scientifiques ne savent pas non plus quand une nouvelle variante peut apparaître. Il n’y a eu que quelques mois de séparation entre les variantes originales d’Omicron et l’émergence de BA.4 et BA.5 en Afrique du Sud.
Potentiellement, le SRAS-CoV-2 peut évoluer pour ressembler aux quatre autres coronavirus saisonniers (sCOV) qui causent le rhume et provoquent jusqu’à 30 % des infections respiratoires chaque année. Cependant, la grande question reste de savoir si les infections au COVID-19 deviendront progressivement plus douces ou resteront-elles un grave problème de santé publique dans un avenir prévisible.
